Чтобы обновить Drupal в рамках одной мажорной версии, нужно проделать следующее:

1. Скачиваем последнюю стабильную версию.
2. Бэкапим БД и папку с друпалом.
3. Логинимся на сайте под админом, не закрываем окно браузера.
4. Выключаем сайт (admin/config/development/maintenance).
5. Заливаем новую версию друпала поверх старой.
6. Запускаем мастер обновления http://example.com/update.php
7. Включаем сайт.

Файл install.php удалять не нужно.

Подробнее про обновление можно почитать в файле UPGRADE.txt, в корне друпала.