При использовании Inndb MySQL открывает много файлов и падает -> упирается в лимит (1024 открытых файлов).
Смотрим сколько использует

lsof -u mysql | wc -l

Если же оно приближается к 1024, то стоит в блок [mysqld] файла my.cnf добавить следующее:

open_files_limit = 8192

И перезапустить СУБД:

/etc/init.d/mysqld restart

По теме: